Магнитные велотренажеры обеспечивают сравнительно большую плавность хода, бесшумность и долговечность, чем ременные. Это происходит за счет того, что в них используется магнитная система торможения. Магнитная система торможения представляет собой постоянный магнит, механически приближающийся к маховику. Будучи управляемой электродвигателем, она дает возможность применять программы с режимами постоянного пульса и постоянного усилия, что приближает этот вид велотренажеров к велоэргометрам. Ее разновидность, электромагнитная система торможения, является независимой от вращения педалей и управляется компьютером тренажера. Это позволяет точнейшее управление желаемой нагрузки, точнее чем на всех других системах торможения. Электромагнитная система торможения является такой же бесшумной, как магнитная.